幽冥女王之兄阿達武士（Rito）加入侵略地球的隊伍，並壓倒性的擊敗金剛戰士
，摧毀了大連王與戰鬥白虎，指揮中心亦在戰鬥中損毀
，金剛戰士就此失去超異能。宙威利用中心所餘的能量，將失去超異能的戰士們送去忍者神廟
，要他們去見可製造超異能硬幣的忍者戰士（Ninjor）。儘管途中有阿達武士派遣的食人鳥追擊，但戰士們依舊成功抵達神廟獲得新的超異能
，並多了忍者裝扮的變身型態


，以及忍者機械獸（Ninja Zords）。後來巴布猴
、怪頭陀與魚匠人等尋獲失落已久的無敵戰將（Shogun Zords）
，玄冥大帝等人遂奪走小晴的超異能硬幣與大明的戰鬥鷹，企圖要脅金剛戰士替自己駕駛無敵戰將征服地球。大明只得潛入暗月宮內
，於千鈞一髮之際奪回硬幣與戰鬥鷹，而比利亦在操縱無敵戰將時將控制權奪來，令玄冥大帝的企圖失敗，也讓金剛戰士多了五架新的生力軍
。 小晴為了追求理想，決定離開參加體操大賽訓練
，原先遭幽冥女王下咒以企圖謀害金剛戰士的凱特（Katherine），在破除魔咒後取代她成為新的粉紅戰士。但過沒多久
，幽冥女王的父親終極魔王發動魔法將時間倒轉
，令金剛戰士全回到童年時期，因此失去了超異能。為了抵禦侵略
，宙威自水柔星請來了外星戰士，第三季就此進入特別篇。至於變回兒童的各戰士
，除了比利透過機器很快恢復之外，其餘人則到各地尋找奇奧水晶的碎片，希望將之收集後發動魔力令地球恢復原狀
。而伊莎到非洲尋找水晶時，意外與遠親相逢，從此留在當地
，由表姊唐娜帶著水晶回到美國

。但當水晶湊齊讓地